A azidopropilamina é um reticulador bifuncional curto, solúvel em água, com grupos azida e amina. O grupo amina primário possui alta reatividade com derivados éster ativados (NHS, etc.). O grupo azida pode ser acoplado a alcinos por meio da reação de clique catalisada por cobre (CuAAC). Ambas as reações são ortogonais e podem ser realizadas independentemente.
A azidopropilamina é usada para introduzir um fragmento de azida em moléculas contendo grupos carboxila, ativando-as com carbodiimida e sua posterior interação com o grupo amina da azidopropilamina. A azidopropilamina também pode ser usada na síntese de peptídeos para modificar peptídeos com grupos carboxila HBTU e HOBt ativados.
Uma forma sólida de cloridrato de azidopropilamina quimicamente estável também está disponível. É ideal como um azidopropilamina em massa para aplicações que exigem uma grande quantidade de reagente.