Sequenciamento de DNA
Sequenciamento de DNA
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O sequenciamento de ChIP (ChIP-seq) combina imunoprecipitação de cromatina (ChIP) com sequenciamento de próxima geração (NGS) para identificar a localização da ligação da proteína ao DNA. O kit DNA SMART ChIP-Seq gera bibliotecas ChIP-seq indexadas adequadas para NGS em plataformas de sequenciamento Illumina. A complexidade da biblioteca é preservada a partir de apenas 500 pg de DNA de entrada de fita dupla ou fita simples. O kit utiliza a tecnologia DNA SMART da Clontech; As bibliotecas de sequenciamento são geradas sem a necessidade de limpeza enzimática ou ligações de adaptadores. Todos os reagentes necessários para a produção de bibliotecas ChIP-seq são fornecidos neste kit, incluindo conjuntos de primers que contêm índices de alto rendimento da Illumina. Existem três versões diferentes do kit, dependendo do número e dos índices específicos da Illumina desejados.
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Os padrões de DNA para quantificação de biblioteca incluem quatro padrões de DNA (0,01–10 pM) que são usados para quantificação de biblioteca baseada em qPCR antes do sequenciamento de próxima geração da Illumina. Esses padrões de DNA contêm concentrações específicas de um fragmento de DNA (538 pb) e são projetados especificamente para uso com o Kit de quantificação de biblioteca (Cat No. 638324). Quando usados como modelos para qPCR com o Library Quantification Kit, os padrões gerarão fragmentos de DNA de 447 pb que podem ser usados para produzir uma curva padrão para determinar a concentração de DNA em uma biblioteca Illumina. Os padrões não são adequados para uso com outras técnicas de qPCR, pois podem levar a erros de quantificação ou resultados ruins.
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Os padrões de DNA para quantificação de biblioteca incluem quatro padrões de DNA (0,01–10 pM) que são usados para quantificação de biblioteca baseada em qPCR antes do sequenciamento de próxima geração da Illumina. Esses padrões de DNA contêm concentrações específicas de um fragmento de DNA (538 pb) e são projetados especificamente para uso com o Kit de quantificação de biblioteca (Cat No. 638324). Quando usados como modelos para qPCR com o Library Quantification Kit, os padrões gerarão fragmentos de DNA de 447 pb que podem ser usados para produzir uma curva padrão para determinar a concentração de DNA em uma biblioteca Illumina. Os padrões não são adequados para uso com outras técnicas de qPCR, pois podem levar a erros de quantificação ou resultados ruins.
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O kit de preparação de amostras de RNA total encalhado SMARTer – HI Mammalian gera bibliotecas para sequenciamento de RNA (RNA-seq), compatível com plataformas Illumina para amostras de mamíferos. O kit foi projetado para trabalhar com faixas de entrada de 100 ng a 1 μg de RNA total. Este kit incorpora a tecnologia RiboGone e SMART e processa a remoção de RNA ribossômico (rRNA) ( sequências de rRNA nuclear 5S, 5.8S, 18S e 28S ), bem como algumas sequências de rRNA mitocondrial ( 12S ), de humanos, camundongos ou ratos RNA total de comprimento total ou cortado, seguido de síntese de cDNA e preparação da biblioteca Illumina. As bibliotecas de RNA-seq preparadas com este kit são indexadas.
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O kit de síntese de cDNA SMARTer Pico PCR fornece um método baseado em PCR para produzir cDNA de alta qualidade a partir de quantidades de picogramas de RNA total. A pedra angular da síntese de cDNA SMARTer ainda é o nosso exclusivo mecanismo SMART ( S witching M echanism A t the 5′ End of R NA Transcript) tecnologia; agora com um oligo SMARTer II A modificado. Este oligo novo e aprimorado, combinado com a Transcriptase Reversa SMARTScribe, oferece maior especificidade e maiores rendimentos. O kit de síntese de cDNA SMARTer Pico PCR permite sintetizar cDNA de alta qualidade para geração de sondas de matriz, subtração de cDNA, manchas “Virtual Northern” ou outras aplicações, a partir de apenas 1 ng de RNA total em concentrações extremamente baixas (ou em amostras). É especialmente útil para pesquisadores que têm material inicial limitado, como RNA derivado de amostras de microscopia de captura a laser, células classificadas por citometria de fluxo ou outras amostras extremamente pequenas.
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O kit SMARTer Stranded RNA-Seq inclui os componentes necessários para gerar bibliotecas de cDNA indexadas adequadas para sequenciamento de próxima geração (NGS) em qualquer plataforma Illumina, a partir de apenas 100 pg de RNA purificado com poliA ou RNA ribossômico esgotado. O kit consiste nos componentes SMARTer Stranded RNA-Seq, SeqAmp DNA Polymerase e o llumina Indexing Primer Set (primers de PCR para a amplificação de bibliotecas de sequenciamento compatíveis com Illumina indexadas e pareadas, que permitem a multiplexação da análise da biblioteca NGS).
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O kit de preparação de amostras de RNA total encalhado SMARTer – HI Mammalian gera bibliotecas para sequenciamento de RNA (RNA-seq), compatível com plataformas Illumina para amostras de mamíferos. O kit foi projetado para trabalhar com faixas de entrada de 100 ng a 1 μg de RNA total. Este kit incorpora a tecnologia RiboGone e SMART e processa a remoção de RNA ribossômico (rRNA) ( sequências de rRNA nuclear 5S, 5.8S, 18S e 28S ), bem como algumas sequências de rRNA mitocondrial ( 12S ), de humanos, camundongos ou ratos RNA total de comprimento total ou cortado, seguido de síntese de cDNA e preparação da biblioteca Illumina. As bibliotecas de RNA-seq preparadas com este kit são indexadas.
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O kit de preparação de amostras de RNA total encalhado SMARTer – HI Mammalian gera bibliotecas para sequenciamento de RNA (RNA-seq), compatível com plataformas Illumina para amostras de mamíferos. O kit foi projetado para trabalhar com faixas de entrada de 100 ng a 1 μg de RNA total. Este kit incorpora a tecnologia RiboGone e SMART e processa a remoção de RNA ribossômico (rRNA) ( sequências de rRNA nuclear 5S, 5.8S, 18S e 28S ), bem como algumas sequências de rRNA mitocondrial ( 12S ), de humanos, camundongos ou ratos RNA total de comprimento total ou cortado, seguido de síntese de cDNA e preparação da biblioteca Illumina. As bibliotecas de RNA-seq preparadas com este kit são indexadas.
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O kit de preparação de amostras de RNA total encalhado SMARTer – HI Mammalian gera bibliotecas para sequenciamento de RNA (RNA-seq), compatível com plataformas Illumina para amostras de mamíferos. O kit foi projetado para trabalhar com faixas de entrada de 100 ng a 1 μg de RNA total. Este kit incorpora a tecnologia RiboGone e SMART e processa a remoção de RNA ribossômico (rRNA) ( sequências de rRNA nuclear 5S, 5.8S, 18S e 28S ), bem como algumas sequências de rRNA mitocondrial ( 12S ), de humanos, camundongos ou ratos RNA total de comprimento total ou cortado, seguido de síntese de cDNA e preparação da biblioteca Illumina. As bibliotecas de RNA-seq preparadas com este kit são indexadas.
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TransNGS rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat) esgota o RNA ribossômico do RNA total humano/camundongo/rato por digestão com RNase H, enquanto retém o RNA mensageiro e o RNA não codificante. O RNA ribossômico empobrecido contém tanto RNA ribossômico citoplasmático (5S rRNA, 5,8S rRNA, 18S rRNA e 28S rRNA) quanto RNA ribossômico mitocondrial (12S rRNA e 16S rRNA). O RNA depletado de rRNA resultante é adequado para RNA-Seq, síntese de cDNA com iniciação aleatória ou outras aplicações de análise de RNA a jusante.
• O kit pode remover até 99% de RNA ribossômico do RNA total humano/camundongo/rato.
• Conjuntos de primers de qPCR de controle são fornecidos para monitorar a eficiência de depleção de RNA ribossômico e a taxa de retenção de RNA não ribossômico.