OncoSpan, 1 ug

OncoSpan é fornecido com dados NGS específicos de lote, dando a você conhecimento e confiança do genótipo de base deste padrão de referência derivado de linha celular. A maior lista de genes do OncoSpan e sua melhor caracterização capacitam os usuários a realizar uma validação mais abrangente de grandes painéis de genes oncológicos e ensaios de sequenciamento de exoma do que nunca.

OncoSpan é um padrão de referência derivado de linha celular bem caracterizado, contendo 386 variantes em 152 genes-chave do câncer. Isso inclui 249 variantes com ID COSMIC e 30 INDELs (24 deleções e 6 inserções, variando de 2 a 16 pares de bases). As variantes estão presentes entre 1-100% de frequência alélica (AF), com 52 variantes presentes em ≤ 20% AF para determinação de LOD do seu ensaio. Cada lote de DNA OncoSpan tem 25 variantes confirmadas por ddPCR, além de ser totalmente sequenciado pelo exome pelo GATC-Eurofins com cobertura de 500x usando o kit Agilent SureSelect Human All Exon V6 e sequenciamento Illumina para ISO 17025. Isso fornece a você uma verdade precisa e confiável definido para comparação com o desempenho do seu ensaio. Você receberá uma senha ao solicitar o download dos dados NGS brutos para o seu lote (arquivos bam, bed e vcf). Alternativamente,386 variantes de alta confiança em um documento Excel de fácil acesso que pode ser baixado.

Dados técnicos
Formato: DNA genômico

Genes abrangidos: ABL1, AKT1, AKT2, ALK, APC, AR, ARID1A, ATR, ATRX, AXL, BARD1, BCL6, BLM, BMPR1A, BRAF, BRCA1, BRCA2, BTK, BUB1B, CARD11, CCND1, CCND3, CCNE1, CD79B, CDh2, CDK12, CDK4, CEP57, CFH, CREBBP, CSF1R, CTNNB1, DDR2, DIS3L2, DNMT3A, EGFR, EML4, EP300, EPCAM, ERBB2, ERBB3, ERCC1, ERCC2, ERCC4, ERCC5, ERG, ETS1, ETV4, EWSR1, EXT1, FANCA, FANCD2, FANCE, FANCG, FANCI, FANCM, FBXW7, FGF10, FGF2, FGF3, FGF6, FGFR1, FGFR3, FLCN, FLI1, FLT1, FLT3, FZR1, GATA2, GATA3, GEN1, GNA11, GNAS, HNF1A, HRAS, IDh2, IDh4, JAK1, JAK2, JAK3, KDR, KIT, KRAS, LDLR, MAGI1, MAP2K1, MAP2K2, MAX, MDM4, MED12, MET, MLh2, MLLT3, MMAB, MRE11, MSh4, MSH6, MTOR, NBN, NF1, NFE2L2, NOTCh1, NOTCh4, NOTCh6, NRAS, NRG1, NTRK1, NTRK3, PDGFRA, PDGFRB, PIK3CA, PIK3CD, PIK3CG, PIK3R1, PMS2, PPARG, PPP2R2A, PRKAR1A, PROC, PTCh2, PTPN11, RAD51B, RAD54L, RAF1, RB1, RBM45, RECQL4, RET, RHBDF2, ROS1,RPS6KB1, SDHB, SF3B1, SF3B2, SLTM, SLX4, SMARCB1, SMO, SMOX, STK11, TERT, TET2, TFRC, TP53, TP53BP1, TSC1, TSC2, WRN, XPA, XPC, ZNF395

Cósmicos: 249

Frequências alélicas: 1% – 92,5% para variantes verificadas por ddPCR

Tampão: Tris-EDTA (10mM Tris-HCl, 1mM EDTA), pH 8,1.