OncoSpan cfDNA, 350 ng

OncoSpan é um padrão de referência derivado de linha celular bem caracterizado, contendo mais de 375 variantes em 152 genes-chave do câncer. Isso inclui 236 variantes com ID COSMIC e mais de 27 INDELs (>21 deleções e 6 inserções, variando de 1 a 15 pares de bases). As variantes estão presentes entre 1-100% de frequência alélica (AF), com 47 variantes presentes em ≤ 20% AF para determinação de LOD do seu ensaio. Cada lote de OncoSpan cfDNA tem 25 variantes confirmadas por ddPCR, além de ser totalmente sequenciado por exome por GATC-Eurofins com cobertura de 120x usando o kit Agilent SureSelect Human All Exon V6 e sequenciamento Illumina para ISO 17025. Isso fornece a você uma verdade precisa e confiável definido para comparação com o desempenho do seu ensaio. Você receberá uma senha ao solicitar o download dos dados NGS alinhados e desduplicados para o seu lote (BAM, BED e arquivos formatados em VCF). Como alternativa, para sua conveniência, também listamos os 386 variantes de alta confiança em um documento Excel de fácil acesso que pode ser baixado.

Dados técnicos

Formato:  DNA livre de células

Genes abrangidos: ABL1, AKT1, AKT2, ALK, APC, AR, ARID1A, ATR, ATRX, AXL, BARD1, BCL6, BLM, BMPR1A, BRAF, BRCA1, BRCA2, BTK, BUB1B, CARD11, CCND1, CCND3, CCNE1, CD79B, CDh2, CDK12, CDK4, CEP57, CFH, CREBBP, CSF1R, CTNNB1, DDR2, DIS3L2, DNMT3A, EGFR, EML4, EP300, EPCAM, ERBB2, ERBB3, ERCC1, ERCC2, ERCC4, ERCC5, ERG, ETS1, ETV4, EWSR1, EXT1, FANCA, FANCD2, FANCE, FANCG, FANCI, FANCM, FBXW7, FGF10, FGF2, FGF3, FGF6, FGFR1, FGFR3, FLCN, FLI1, FLT1, FLT3, FZR1, GATA2, GATA3, GEN1, GNA11, GNAS, HNF1A, HRAS, IDh2, IDh4, JAK1, JAK2, JAK3, KDR, KIT, KRAS, LDLR, MAGI1, MAP2K1, MAP2K2, MAX, MDM4, MED12, MET, MLh2, MLLT3, MMAB, MRE11, MSh4, MSH6, MTOR, NBN, NF1, NFE2L2, NOTCh1, NOTCh4, NOTCh6, NRAS, NRG1, NTRK1, NTRK3, PDGFRA, PDGFRB, PIK3CA, PIK3CD, PIK3CG, PIK3R1, PMS2, PPARG, PPP2R2A, PRKAR1A, PROC, PTCh2, PTPN11, RAD51B, RAD54L, RAF1, RB1, RBM45, RECQL4, RET, RHBDF2, ROS1,RPS6KB1, SDHB, SF3B1, SF3B2, SLTM, SLX4, SMARCB1, SMO, SMOX, STK11, TERT, TET2, TFRC, TP53, TP53BP1, TSC1, TSC2, WRN, XPA, XPC, ZNF395

Cósmicos:  249

Frequências alélicas:  1% – 92,5% para variantes verificadas por ddPCR

Tampão:  Tris-EDTA (10mM Tris-HCl, 1mM EDTA), pH 8,0

informação do produto

Mutações verificadas:

Tamanho da unidade:  350 ng

Concentração:  20 ng/µl

Armazenamento:  4˚C

Expiração:  veja todas as informações sobre o prazo de validade do produto

Controle de qualidade

Frequência alélica:  Droplet Digital PCR™

Genótipo:  sequenciamento de próxima geração

Qualidade:  Tapeçaria

Quantificação:  Ensaio Qubit dsDNA BR (pós-fragmentação)